中国近代高校另一个来源，是从19世纪末开始设立的教会大学。50年代初，教会大学却集体消失了。然而，教会大学的正能量注入到不同的大学，比如，包括圣约翰大学、震旦大学、之江大学等教会大学在内的全国10多所大学的土木建筑相关学科汇聚同济大学，使之成为国内土木建筑领域规模最大、学科最全的工科大学；齐鲁大学等校天文系并入南京大学，形成了南京大学新的优势学科。而这些优势大部分延续至今。昨夜星辰，依然闪烁。
郭小川概览中国高校系列之三:
那些集体隐身的星辰
中国近代高等学校另一个来源是西方教会在中国设立的教会大学。19世纪末到20世纪初，作为中国近代高等教育先声的重要组成部分的教会大学相继建立。清末，公立大学只有3所，而教会大学就有8所。从民国初到抗日战争中的20年间，在华的教会大学又新建了18所。到1949年，尚有教会大学21所。
教会大学的办学宗旨是弘扬神学，传播宗教，培养为西方国家在华利益服务的知识分子。在教学内容上，宗教课程占有相当地位，对中国师生普遍实行思想控制。不过，教会大学对西方科学文化在中国的传播，对促进中西文化交流，对中国高等教育的近代化进程也起了重要作用。
新中国伊始，人民政府对教会大学仍允许其存在，但不允许强迫学生信仰宗教。1951年底，所有教会大学都由人民政府接收，其中改为公立的12所，即辅仁大学、燕京大学、津沽大学、协和医学院、铭贤学院、金陵大学、金陵女子文理学院、协和大学、华南女子文理学院、华中大学、文华图书馆学专科学校、华西协和大学；接收后改为由中国人民自己办学、仍维持私立、政府予以补助的9所，即沪江大学、东吴大学、圣约翰大学、之江大学、齐鲁大学、岭南大学、求精商学院、震旦大学、震旦女子文理学院。
辅仁大学的前身为1925年创建的辅仁社。1927年辅仁社升格为辅仁大学,1929年，改称为私立北平辅仁大学。1952年，辅仁大学等校的法学、政治学、社会学等学科组建北京政法学院（今中国政法大学），经济系参与组建中央财经学院（今中央财经大学）；辅仁大学、燕京大学、清华大学经济系理论部分，辅仁大学及北京师范大学外文系的一部分并入北京大学，形成了北京大学经济等学科优势；辅仁大学除个别系科并入北京大学外，全部并入北京师范大学。
燕京大学成立于1919年。它的前身是创建于1869年的潞河书院和1870年的汇文学校。到19世纪末，这两所学校分别成为华北协和大学和汇文大学。1916年两校合并，1919年正式成立燕京大学。1920年，创办于1905年的协和女子大学加入。在中国高等学校发展史上，燕京大学可以说是一个奇迹。在创办之初的短短几年时间中，燕京大学一跃跻身为当时中国第一流的综合大学，在国际上也享有盛誉。1952年,燕京大学工科各系并入清华大学，教育系并入北京师范大学，化学工程系并入天津大学，社会学系调整到中央民族学院；燕京大学等校的法学、政治学、社会学等学科组建北京政法学院（今中国政法大学），经济系参与组建中央财经学院（今中央财经大学）；燕京大学、清华大学文学院、理学院系科并入北京大学，形成了北京大学文、理学科优势；北京大学迁至原燕京大学校址燕园。
津沽大学成立于1921年，初名天津农工商大学，1933年更名为天津工商学院。1948年改名为私立津沽大学。1952年，津沽大学工学院并入天津大学；津沽大学文学院、理学院系科、天津大学理学院并入南开大学，形成了南开大学文、理学科基础雄厚的优势。
协和医学院创办于1917年，是我国最早设有八年制临床医学专业和护理本科教育的医学院校,在我国医学教育领域具有特殊的地位和独特的社会影响力。1951年人民政府接收后改为中国协和医学院。1957年，并入1956年成立的中国医学科学院。1959年，在原协和医学院基础上成立中国协和医科大学。2006年,中国协和医科大学与清华大学实行紧密合作办学，中国协和医科大学更名为北京协和医学院－清华大学医学部。
铭贤学院创建于1907年，历经铭贤学堂、铭贤农工专科学校、铭贤学院等时期。1951年人民政府接收铭贤学院后，改为山西农学院（部分系科与山西大学工学院及西北工学院合并），1979年更名山西农业大学。
金陵大学的前身是1888年在南京创办的汇文书院。1910年，宏育书院（1906年由1891年创办的基督院和1894年创办的益智书院合并组建）又并入汇文学院，以大学建制成立金陵大学堂。1914年创设农科，次年增加林科。1916年农、林两科合并为农林科，成为中国高等教育中最早设立的农林科，开中国农业教育之先河。1930年，金陵大学农林科改称农学院。金大虽然是教会大学，却非常重视中国古代文化的研究。尤其对古物、古籍的收集、整理和研究取得了突出成就。金大中国文化研究所学术声名鹊起，考古学的贡献是一个重要因素。金陵女子文理学院的前身是1915年在南京创办的金陵女子大学。1930年改名为金陵女子文理学院。1951年，私立金陵大学与私立金陵女子文理学院合并,改为公立金陵大学。1952年，金陵大学文学院、理学院各系科并入南京大学，经济系并入复旦大学，电影播音专修科师生连同教学设备，调中央文化部电影局电影学校（今北京电影学院）；金陵大学教育系、儿童福利等系科参与组建南京师范学院（今南京师范大学）；金陵大学等大学的农学院部分系科合并组建南京农学院（今南京农业大学）；金陵大学等院校的农学院森林系合并组建南京林学院（今南京林业大学）；以原中央大学工学院为主体，金陵大学的工程科系参与组建的南京工学院，1988年更名为东南大学；金陵大学化工系参与组建的南京工学院化工系，1958年更名为南京化工学院，1980年合并南京建筑工程学院后升格为南京工业大学。
协和大学成立于1915年。1931年以私立福建协和学院立案。1942年改称私立福建协和大学。华南女子文理学院1908年在福州创办。1951年人民政府接收协和大学与华南女子文理学院后，两校合并为福州大学。1953年，福州大学改名福建师范学院，1972年易名为福建师范大学。
华中大学的前身为1871年创办的文华书院。1903年，文华书院成立大学部，1909年更名文华大学。1915年，文华大学建立图书馆学校，培养出中国第一批现代图书馆人才。1924年，在文华大学基础上建立华中大学。在中国教会大学中，华中大学的前身是唯一开设图书馆专业的学校，也是最早将图书馆学引入中国的大学之一。有一个很好的图书馆专业，这也是华中大学的一个重要特色。1951年中原大学教育学院与华中大学合并组建为公立华中大学。1952年中华大学、湖北教育学院等并入后改制为华中高等师范学校，1953年更名为华中师范学院，1985年定名为华中师范大学。
文华图书馆专科学校1929年成立。其前身为1920年创办的武昌文华大学图书科。1929年，文华图书科独立出来，成立文华图书馆学专科学校,成为中国第一所独立的图书馆学高等学府。现代图书馆教育由此而引入中国，并开创了中国近现代档案学教育的先河。1953年，武昌文华图书馆专科学校并入武汉大学，更名为武汉大学图书馆学系，现为武汉大学信息管理学院的一部分。
华西协合大学创立于1910年。由于它是基督教华西各差会共同开办的，故定名为华西协合大学。它采用英国牛津剑桥式、一切设备，均力求近代化，建立了西南地区最早的现代医学专业，成为中国现代口腔医学发源地。1933年华西协合大学正式立案后，分设文、理、医牙三学院。新中国成立后，1951年人民政府接收华西协合大学，更名为华西大学，1952年，学校改建为多专业的医药院校，更名四川医学院，1985年改名华西医科大学。2000年，华西医科大学与四川大学合并组建为新的四川大学。
沪江大学创办于1906年。原名上海浸会大学，1914年名定为沪江大学。1952年，沪江大学中文、英文、历史、物理（除电讯）、化学和生物等系并入复旦大学，教育、社会系并入华东师范大学，商学院并入上海财政经济学院（今上海财经大学）。
东吴大学创建于1900年，为苏州大学的主要前身。1952年，东吴大学文理学院并入苏南师范学院（今苏州大学），经济系并入上海财政经济学院（今上海财经大学），药学专修科并入华东药学院（今中国药科大学）；东吴大学等院校的法律系、政治系和社会系参与组建华东政法学院（今华东政法大学）；东吴大学等院校化工系合并组建新中国第一所以化工特色闻名的高等学府华东化工学院，1993年更名为华东理工大学。
圣约翰大学的前身为创建于1879年的圣约翰书院。1896年改组为圣约翰学校。1906年注册学校名为圣约翰大学。1952年，圣约翰大学英文、历史、资讯系并入复旦大学，教育、中文、数学、物理、化学和生物系并入华东师范大学,土木建筑相关学科并入同济大学，经济系并入上海财政经济学院（今上海财经大学）；圣约翰大学等院校的法律系、政治系和社会系参与组建华东政法学院（今华东政法大学）；圣约翰大学等院校医学院合并为上海第二医学院，1985年更名上海第二医科大学。2005年，上海第二医科大学与上海交通大学合并组建为新上海交通大学。
之江大学因位于呈之字形的钱塘江畔而得名。其前身为建于1897年的育英书院。1952年,之江大学工学院土木系、机械系并入浙江大学，土木建筑相关学科并入同济大学；之江大学建筑系参与组建南京工学院（今东南大学）；之江大学文理学院参与组建浙江师范学院。1958年，浙江师范学院并入新建的杭州大学，1998年与原浙江大学组建成新的浙江大学。1998年，杭州大学等校与浙江大学合并组建为新的浙江大学。
齐鲁大学其前身为1904年建立的山东基督教共合大学。1931年后，齐鲁大学进入一个新的发展时期，与燕京大学齐名，有南齐北燕之称。1952年，齐鲁大学物理、化学、生物三系同时并入山东师范学院（今山东师范大学），农业专科并入山东农学院（今山东农业大学）；齐鲁大学医学院并入山东医学院，1985年更名为山东医科大学，2000年，山东医科大学等校与山东大学合并组建为新的山东大学；齐鲁大学药学系并入国立药学专科学校，成立华东药学院（今中国药科大学）；齐鲁大学经济系与山东会计专科学校合并组建山东财经学院（今山东财经大学）；齐鲁大学和中山大学的天文系并入南京大学，形成了南京大学新的优势学科。
岭南大学的前身格致书院1888年在广州创办。1952年，文理学院并入中山大学；岭南大学，教育系并入华南师范学院（今华南师范大学）；岭南大学土木系参与组建华南工学院（今华南理工大学）；岭南大学农学院参与组建华南农学院（今华南农业大学）；岭南大学社会福利系儿童福利组参与组建南京师范学院（今南京师范大学）；岭南大学医学院并入专门的医科院校，即后来几经易名后的中山医科大学。2001年，中山医科大学与中山大学合并组建为新的中山大学。
求精商学院的前身是创办于1891年的求精学堂，1940年创立求精商业专科学院。1947年，求精商业专科学校升为求精商学院。1951年求精商学院改建为西南贸易专科学校。1952年，西南贸易专科学校并入创建于1950年的西南人民革命大学，1953年随西南人民革命大学三处并入四川财经学院（今西南财经大学）。
震旦大学创办于1903年，初名为震旦学院，1928年改称震旦大学。震旦女子文理学院创办于1937年。1951年人民政府接收震旦大学与震旦女子文理学院后，两校合并为震旦大学。1952年，震旦大学中文、外语、化学系并入复旦大学，土木建筑相关学科并入同济大学，教育系并入华东师范大学，法学院夜专修科并入上海财政经济学院（今上海财经大学）；震旦学院等校化工系合并组建华东化工学院（今华东理工大学）；震旦大学托儿专修科参与组建南京师范学院（今南京师范大学）；震旦大学等院校医学院合并为上海第二医学院。1985年，上海第二医学院更名为上海第二医科大学。2005年，上海第二医科大学与上海交通大学合并组建为新的上海交通大学。
从1951年底人民政府对所有教会大学的接收，到1952年、1953年全国范围内的院系调整结束后，所有教会大学被合并到公立大学，取消了原校名。在中国大陆存在了半个多世纪的教会大学从此不复存在。然而，教会大学的正能量注入不同的高校，其学科专业被整体或分别调整到不同的大学。比如，包括圣约翰大学、震旦大学、之江大学等教会大学在内的全国10多所大学的土木建筑相关学科汇聚同济，同济大学成为国内土木建筑领域规模最大、学科最全的工科大学,形成了明显的学科优势；津沽大学文学院、理学院系科与天津大学理学院并入南开大学，形成了南开大学文、理学科基础雄厚的优势；齐鲁大学等校天文系并入南京大学，形成了南京大学新的优势学科，等等。这些优势学科或特色学科大部分延续至今。昨夜星辰，依然闪烁。
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