国家重点学科是国家根据发展战略与重大需求，择优确定并重点建设的培养创新人才、开展科学研究的重要基地，在高等教育学科体系中居于骨干和引领地位， 满足经济建设和社会发展对高层次创新人才的需求，为建设创新型国家提供高层次人才和智力支撑，充分体现全国各高校科学研究和人才培养的实力和水平。到 2007年为止，我国共组织了三次评选工作：共评选出全国286个一级学科国家重点学科、677个二级学科国家重点学科、217个国家重点（培育）学科， 其中一级国家重点学科所覆盖的二级学科均为国家重点学科。
生物医学工程一级学科国家重点学科名单
| 学科名称 | 学校名称 |
| 生物医学工程 | 清华大学，北京协和医学院清华大学医学部 |
| 上海交通大学 | |
| 东南大学 | |
| 浙江大学 | |
| 华中科技大学 | |
| 四川大学 | |
| 重庆大学 | |
| 西安交通大学 |