为满足网络时代社会对电子商务人才的需求，我院早在2000年就已经在信息系下设立了电子商务专业，面向全国招生。2004年秋季，学校开展了专业调整和优化整合，将电子商务专业调整到管理学院，并组建为电子商务系。经过几年的发展，电子商务系已经形成了立足工商管理大学科，培养掌握现代信息技术、网络技术和现代商务理论的复合型人才的培养模式。
通过我院电子商务专业的专家及教师的共同努力，在这几年的专业教学中形成了具有我院特色的电子商务专业教学，同时形成了较为先进的教学理念，主要表现在以下几个方面：
课程体系有利于专业的通用性与专业性并重发展；
引入系列证书评估课程体系
校内仿真实训与校外综合实习相结合
学院电子商务专业课程设置采用了模块化，注重电、商类课程的合理比例，引入了部分原版教材。同时根据高职和本科教育侧重面的不同，对理论类课程和实践类课程的安排也做了相应的调整。
本课程师资队伍中：教授1人，副教授3人，讲师6人，博士2人，硕士生4人；双师型教师的比例占40%。这支队伍中有在专业领域成就卓著的学科带头人，也有极富实践经验的能工巧匠，平均年龄在35岁左右，是一支双师型特色鲜明、层次结构合理，年轻而充满活力的队伍。其中大部分教师从事相关课程教学多年，获得过院优秀教师奖，并在教学过程中发表了许多对该专业有影响的学术论文。
本专业学科带头人宋文官教授从事电子商务教育研究多年。1997年评审通过副教授任职资格，2003年评审通过教授任职资格。从事高等教育17年。现任上海商学院管理学院院长，上海市电子商务实训中心常务副主任，上海市第50国家职业技术鉴定所常务副所长（高校商贸类），国家电子商务师教学总监。2001年9月被评为上海市优秀教育工作者，2000-2003年被为上海商学院学科带头人，2003年被评上海市教学名师。
我系的《电子商务专业改革》获得市教学成果三等奖。
电子商务专业的重点课程《电子商务概论》被评为国家和上海市精品课程，该专业的另一课程《物流基础》也被评为国家和上海市的精品课程。
在课程建设中已完成以电子商务职业能力为核心、突出基本技能培养的特色教学大纲的编写；已完成并出版配套教材以及配套实训教学软件的编写；已建立课程教学资料库；建立了专业试题库及考试系统。
为了进一步拓展实践教学空间，在产、学、研结合方面谋求新的突破。目前学系与校外电子商务企业的合作日趋加强，如ego365、联华、IBM等公司先后与我们建立了协作关系。
在几年的教学过程中，共培养电子商务专业高职毕业生500余人，其中有将近100多名学生获得了国家职业资格证书--《助理电子商务师》证书，学生就业率达到95%以上。学生创新实践成果显著，学生在实践课程中形成的综合创新实践能力在上海市、全国的建模比赛中得到了印证，成绩明显提高：2003年我院电子商务专业学生在全国大学生建模竞赛中获得全国一等奖1队，二等奖2队；上海赛区一等奖1队，二等奖2队，三等奖1队。2005年获得上海市电子商务大赛二等奖。