清华大学2013年本科招生专业及分流方向如下：
| 所属院系名称 | 招生专业名称 | 备注 |
| 建筑学院 | 建筑学(含城乡规划) | |
| 建筑环境与能源应用工程 | ||
| 土木水利学院土木工程系 | 土木工程 | 本科生入学1年后可以根据兴趣选择土木工程专业或工程管理专业 |
| 土木水利学院建设管理系 | ||
| 土木水利学院水利水电工程系 | 水利水电工程 | |
| 机械工程学院机械工程系 | 机械工程 | |
| 机械工程学院精密仪器系 | 测控技术与仪器 | |
| 机械工程学院工业工程系 | 工业工程 | 限英语考生 |
| 机械工程学院热能工程系 | 能源与动力工程 | |
| 机械工程学院汽车工程系 | 车辆工程 | |
| 航天航空学院 | 航空航天工程 | |
| 工程力学(含钱学森力学班) | 钱学森力学班面向校内新生招生，本专业新生同等条件下优先录取 | |
| 航空航天工程(飞行学员班) | 2013年清华大学继续与海军、空军联合开展联合招收培养飞行学员工作、具体事宜另行专门发布 | |
| 信息科学技术学院电子工程系 | 电子信息类 | 本科生入学1年班后可以根据兴趣选择电子信息科学与技术专业或微电子学专业 |
| 信息科学技术学院微电子与纳电子学系 | ||
| 信息科学技术学院计算机科学与技术系 | 计算机科学与技术 | |
| 信息科学技术学院自动化系 | 自动化 | |
| 信息科学技术学院软件学院 | 软件工程 | 限英语考生 |
| 交叉信息研究院 | 计算机科学与技术(计算机科学实验班) | 仅招收保送生和面向校内新生招生 |
| 电机工程与应用电子技术系 | 电气工程及其自动化 | |
| 工程物理系 | 工程物理 | |
| 工程物理(能源实验班) | 进入专业课学习期间，根据双向选择原则可选择不同能源领域专业方向 | |
| 核工程与核技术 | 仅招收定向生 | |
| 材料学院 | 材料科学与工程 | |
| 化学工程系 | 化学工程与工业生物工程 | |
| 高分子材料与工程 | ||
| 环境学院 | 环境工程 | |
| 环境工程(全球环境英才班) | ||
| 生物医学工程系 | 生物医学工程 | |
| 医学院 | 医学实验班 | 学制为八年，限英语考生 |
| 药学 | 仅面向校内新生招生 | |
| 理学院物理系 | 物理学 | |
| 数理基础科学 | 学生从三年级开始进入科学实践专题研究(Seminar)，可选择参加不同学科方向的科研实践 | |
| 理学院数学系 | 数学与应用数学 | |
| 理学院化学系 | 化学 | |
| 化学生物学(化生基础科学班) | 仅招收保送生和面向校内新生招生 | |
| 生命科学学院 | 生物科学 | 限英语考生 |
| 经济管理学院 | 经济与金融(国际班) | 限英语考生 |
| 工商管理类(会计学方向) | ||
| 工商管理类(信息管理与信息系统方向) | ||
| 人文学院 | 人文科学实验班 | 本科生入学1年半后可以根据兴趣选择中国语言文学、历史学或哲学专业 |
| 人文学院外文系 | 英语 | |
| 英语(外文实验班) | ||
| 日语 | 限英语考生 | |
| 社会科学学院 | 社会科学实验班 | 本科生入学1年后可以根据兴趣选择政治学与行政学、社会学、经济学、国际政治或心理学专业 |
| 法学院 | 法学 | |
| 法学(国际班) | ||
| 资讯与传播学院 | 资讯学(资讯与传播) |
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