日前，江苏省教育厅公布了“十三五”江苏省重点学科立项学科名单，来自南京大学、东南大学等56所高校和江苏省委党校的313个学科入选。以下是南京航空航天大学入选“十三五”江苏省重点学科立项学科名单：
| 序号 | 学校代码 | 学校名称 | 学科代码 | 学科名称 | 建设类别 |
| 1 | 10287 | 南京航空航天大学 | 701 | 数学 | 一级学科省重点学科 |
| 2 | 10287 | 南京航空航天大学 | 1201 | 管理科学与工程 | 一级学科省重点学科 |
| 3 | 10287 | 南京航空航天大学 | 807 | 动力工程及工程热物理 | 一级学科省重点学科 |
| 4 | 10287 | 南京航空航天大学 | 803 | 光学工程 | 一级学科省重点学科 |
| 5 | 10287 | 南京航空航天大学 | 804 | 仪器科学与技术 | 一级学科省重点学科 |
| 6 | 10287 | 南京航空航天大学 | 823 | 交通运输工程 | 一级学科省重点学科 |
| 7 | 10287 | 南京航空航天大学 | 835 | 软件工程 | 一级学科省重点学科 |
| 8 | 10287 | 南京航空航天大学 | 809 | 电子科学与技术 | 一级学科省重点（培育）学科 |