2013年，清华大学计划招收本科生3372人，与去年持平。按照优化生源结构，促进教育公平的原则，在2013年对分省招生计划又进行了更加科学、合理的调整。在保持全国各省招生计划总量相对稳定的同时，重点将招生计划向高等教育欠发达且生源数量相对较多、升学压力较大的中西部地区以及农村地区倾斜，对四川、河南、甘肃、山西、湖北、安徽、广西、贵州、云南等省、区扩大了招生计划投放。
面向贫困地区定向招生专项计划增加1倍
面向贫困地区定向招生专项计划（以下简称专项计划）是教育部与国家发展改革委、财政部、人力资源社会保障部、国务院扶贫办等五部门联合实施的定向招生计划，面向贫困地区参加全国统考的考生，鼓励学生毕业后回到贫困地区就业创业和服务。
专项计划实行单报志愿、单设批次、单独划线，录取分数线原则上不低于招生学校所在批次录取控制分数线。2013年清华大学在全国22个省面向832个集中连片贫困县和国家级扶贫开发重点县设有专项计划，招生规模比去年扩大了一倍，达到60人，在各省提前批之后，本科一批开始前录取。
按照专项计划录取的学生入学报到时不迁转户口，与其他学生同等享受奖助学金政策。对毕业后到贫困地区就业创业和服务的专项生，按照有关规定享受学费补偿和国家助学贷款代偿等优惠政策。
清华学堂计划，继续推行考后面试录取
清华学堂人才培养计划（简称学堂计划）是清华大学实施本科生因材施教、培养拔尖创新人才的典范，该计划旨在充分发挥整合学校优质教育资源，配备一流的师资，提供一流的学习条件，创造一流的学术环境与氛围，努力促成进入该计划的学生成长为未来中国和世界的学术领军人物。培养和选拔一流人才，需要有更科学的选才方式，据清华大学招生办公室主任于涵介绍，2013年，学堂计划中的五个班（数学班、物理班、化学班、生命科学班、计算机科学实验班）继续在北京、上海、辽宁、新疆等四个考前和估分填报志愿的省（自治区、直辖市）全面施行高考后面试录取。上述省份考生只要预估高考成绩可以达到清华大学在本省理科录取分数线且第一专业志愿填报了学堂计划五个班所对应的招生专业，就可以向清华大学提交学堂计划面试申请。在高考正式录取前，清华大学学堂计划专家团队会对申请考生进行专门面试，不唯分数、因材施招，最终确定入选学堂计划的人选。学堂计划五个班的对应高考招生专业为：数学与应用数学、物理学、化学、生物科学、计算机科学与技术。
另悉，学堂计划钱学森力学班和计算机科学实验班还将继续在新生入学后开展二次招生。
2013开始招收军、地双学籍飞行学员
按教育部和总政治部《关于做好军地高校招收培养双学籍飞行学员工作的通知》，清华大学自2013年起，与海军航空工程学院、空军航空大学联合招收培养双学籍飞行学员。
取得报考资格的考生，须在招生录取提前批次第一志愿栏填报海军航空工程学院或空军航空大学航空飞行与指挥专业，不直接填报清华大学志愿。对于取得报考资格和达到海、空军招飞录取分数线的考生，首先录取到海军航空工程学院或空军航空大学，经过军政强化训练和体验筛选飞行后，清华大学与军队飞行院校将根据高考成绩和个人志愿，在合格者中综合择优确定联合培养飞行学员。没有被确定为联合培养飞行学员的继续在军队飞行院校学习。
双学籍飞行学员录取分数线，参照普通高校统招生调档线确定。如调档线上人数未能达到招生计划数，可适当下调一定幅度，但最多不得超过普通高校统招生调档线60分（750分制）。