为贯彻落实胡锦涛总书记在庆祝清华大学建校100周年大会上的重要讲话精神和《国家中长期教育改革和发展规划纲要(2010-2020年)》、《中共中央国务院关于深化医药卫生体制改革的意见》，加快推进临床医学教育综合改革，经研究，教育部、卫生部共同组织实施“卓越医生教育培养计划”。
“卓越医生教育培养计划”实施周期为10年，分批进行立项建设，2012年确定了第一批卓越医生教育培养计划项目试点高校125所，改革试点项目178项，其中拔尖创新医学人才培养模式改革试点项目26项，五年制临床医学人才培养模式改革试点项目72项，农村订单定向免费医学教育人才培养模式改革试点项目39项，“3+2”三年制专科临床医学教育人才培养模式改革试点项目41项
“卓越医生教育培养计划”入选高校应具备以下基本条件：申报“拔尖创新医学人才培养改革试点”的高校为教育部批准举办八年制临床医学教育的高等学校;申报“临床医学硕士专业学位研究生培养模式改革试点”的高校应具有临床医学硕士专业学位授予权;申报“‘3+2’三年制专科临床医学教育人才培养模式改革试点”的高校为举办三年制专科临床医学专业的高校，申报“农村订单定向免费本科医学教育人才培养模式改革试点”的高校为承担农村订单定向免费本科医学教育任务的高校。