2009年上海交大本科招生继续采用两个招生代码，即上海交大校本部（代码10248）和上海交大医学部（代码19248）分别列计划、分别录取。考生报考上海交大，必须把上海交大作为第一志愿，如同批录取控制分数线以上，以几到为第一志愿的考生档案不足时，方接收符合条件、且考分不低于已投档第一志愿考生平均分的非第一志愿考生（这种情况很少出现），若仍未完成交大在当地的招生计划，剩余指标将调剂到其他省（区、市）。专业志愿按各地招生办规定的数量填报，应尽量填满。专业（学院）志愿顺序适当保持一定的梯度。对愿意调剂录取这一栏，尽量要填写，否则可能会失去一次机会。
关于专业级差，交大在上海市录取的专业级差为2分，级差计算两次后不再累计（即2－2－0－0－0）。考生在填报专业志愿时，可根据自己的兴趣和实力将所报专业顺序进行合理排列。考虑到目前的专业志愿表尚不能表达按院招生的含义，对于实行按院招生的学院来说，在今年的招生专业目录中，这些学院将以某一专业类为代表，供考生作为专业志愿选择填报，考生只填写公布的专业类名称及其相应代码即可。
实行平行志愿后，已获得上海交大自主招生资格的考生如何填报志愿？按照实行平行志愿省市考试院的投档顺序和规则，已获得上海交大自主招生各项优惠加分的考生，只有将上海交大填报为第一位置（A志愿），才能保障自主招生优惠条件的落实。
对于一些特殊专业（班）的录取，特别提醒，理科实验班类（教改联读班本硕连读）、电子信息科学类（本硕连读试点班）、生命科学与技术基地班（本硕连读）、临床医学八年制（法语班），以高考原始分（不含地方政策性加分和学校加分）排序录取，且仅接收第一专业志愿填报者。
针对今年交大 09年招生政策的新变化，陶主任特别提醒，由于今年农业与生物学院的环境生态类实行提前批次招生，且提供免学费、住宿费和生活费等多项优惠政策，建议有兴趣的考生不妨重点考虑。为了避免出现退档的尴尬，陶老师特别提醒，尽量服从志愿调剂，避免进入征求志愿阶段。交大也承诺，在考生服从志愿调剂的前提下，将实行见档不退的录取政策。