19世纪末到20世纪初，作为中国近代高等教育先声的重要组成部分的教会大学相继建立，这些大学很多可以算是当时的世界级大学，不过在中国院校大调整中这些教会大学被分拆合并集体消失了。
1、圣约翰大学
圣约翰大学创建于1879年，原名是圣约翰学院，是由美国圣公会上海主教施约瑟(S. J. Sekoresehewsky)将原来的两所圣公会学校培雅书院和度恩书院合并而成，是在华办学时间最长的一所教会学校，1952年各院系被分拆并入其他各高等院校，原校址位于现在的华东政法大学所在地。
圣约翰大学校训
校训初为光与真理，后加上孔子名言学而不思则罔，思而不学则殆。
2、光华大学
私立上海光华大学创建于l925年6月，由数百名脱离美国教会学校上海圣约翰大学的爱国师生组建而成。学校校长长期由张寿镛担任，1945年7月张寿镛逝世后，先后由朱经农、廖世承担任。担任副校长的先后有：朱经农、张歆海、廖世承，颜任光，容启兆、朱公谨、谢霖。
上海光华大学于1952年与其他高校合并成立华东师范大学。
3、沪江大学
沪江大学(University of Shanghai)是20世纪上半叶一所位于上海的浸会背景的教会大学。1921年开始招收4名女生入学，实行男女同校，开在华基督教大学男女同校之先河。
1952年全国高等学校进行院系调整，沪江大学各系分别并入复旦大学、华东师范大学等相关院校，校址移归上海机械学院。 (今上海理工大学)
校训
信、义、勤、爱
4、大夏大学
1924年6月，厦门大学三百余位教师和学生由于学潮离校奔赴上海，当时刚卸任的原国民政府交通部长王伯群与前厦门大学教授欧元怀、王毓祥、傅式说等人的共同成立了大厦大学筹备处。大厦即厦大之颠倒，后来取光大华夏之意定名大夏大学，聘马君武为校长，王伯群任董事长。成为当时一所综合性私立大学。
1951年10月，教育部以大夏大学、光华大学为基础，同时调进复旦大学和同济大学等院校的部分系科，在大夏大学原址上创办了华东师范大学，成为中国当时的第一所社会主义师范大学。
5、震旦大学
震旦大学(Aurora University)是天主教耶稣会在中国上海创办的大学。1903年建校，地点在上海徐家汇，初名震旦学院，1932年改称震旦大学。
1937年美国圣心会在蒲石路创设震旦女子文理学院(现上海社会科学院)，名义上属震旦大学，实际经济、行政、教学完全独立，教学语言为英语。
l952年l0月震旦大学医学院和圣约翰大学医学院、同德医学院合并组成上海第二医学院，胡文耀任院长。经济系、中文系、化学系和营养组并入复旦大学，法律系并入华东政法学院，电机系并入上海交通大学，土木系并入同济大学，化工系并入华东化工学院，托儿专修科并入南京师范学院，教育系并入华东师范大学。银行、会计、企业管理等夜专修科并入上海财经学院，从此震旦大学撤销。现为重庆南路227号和280号上海第二医科大学校舍。
6、上海大同大学
1912年3月19日，大同学院创办，以研究学术，明体达用为宗旨。院长胡敦复。
1952年10月 全国高校院系调整，大同大学商学院并入上海财经学院，理学院并入复旦大学，工学院相关科系分别并入同济大学、交通大学和华东化工学院，文学院(文学系、哲学教育系、史地政治系)并入华东师范大学，取消大同大学建制。
7、中国大学
孙中山先生为培养民主革命人才，于1912年仿日本早稻田大学在北京创办的中国大学，宋教仁、黄兴为第一、二任校长，中山先生自任校董。学校初名国民大学，1917年改名为中国大学，且建校伊始就有附属中学，1952年附中更名为北京市第29中学。
8、燕京大学
燕京大学是20世纪上半叶4个美英基督教差会在北京开办的一所著名的教会大学。建立于1919年，其前身是美国教会在北京一带办的三所教会学校。
1952年法学院，社会学系并入北京政法学院(中国政法大学前身)，其余与清华大学文科院系等并入北京大学，燕京大学校址燕园成为院系调整后的北京大学校园。未名湖燕园建筑是中华人民共和国重点文物保护单位。
校训
因真理 得自由 以服务 Freedom Through Truth For Service
9、之江大学
之江大学(Hangchow University)是基督教美北长老会和美南长老会在中国杭州联合创办的一所教会大学。也是中国的十三所基督教大学之一。
1952年全国高等学校院系调整，该校文理学院部分系与浙江大学文学院组建浙江师范学院，院址设在原之江大学；文理学院部分系并入复旦大学；财经学院并入华东财经学院；工学院除航空工程系并入中央航空学院以外，全部并入浙江大学，之江大学宣告结束。
10、东吴大学 (苏州)
东吴大学的渊源可以追溯到监理会在苏州和上海开办的几所学校。1871年，美国基督教监理会(监理会于1939年与美以美会合并改名为卫理公会)在苏州十全街设立存养书院，1879年迁至天赐庄，并改名博习书院(The Buffington Institute)。后并入上海中西书院(the Anglo-Chinese College，1882年创办)。
1952年，在教育部和苏南行署教育处领导下，实施院系调整，苏南文化教育学院由无锡迁到苏州，东吴大学文理学院及江南大学数理系被并入此校，改名为苏南师范学院，同年冬定名为江苏师范学院，在原东吴大学校址办学。东吴大学在上海的法学院于院系调整中撤销，法律系师生转入华东政法学院，会计系并往上海财经学院。江苏师范学院1982年6月经国务院批准改办为苏州大学，成为江苏省属第一所综合性大学。经教育部和江苏省政府批准，苏州蚕桑专科学校、苏州丝绸工学院、苏州医学院先后于1995年、1997年、2000年并入苏州大学。