(1)身份待遇不同。军校学员经复查合格者，即取得学籍和军籍，享受部队供给制学员待遇，发放津贴费，学习和生活费用由军队承担，其家庭享受军属待遇。国防生在校学习期间不办理入伍手续，毕业后按照协议书定向分配到军队工作，在校期间可享受军队提供的国防奖学金。
(2)学习环境不同。军校生只能在军校学习，而国防生可在录取自己的高校(包括北大、清华等名校)学习。
(3)体检要求不同。国防生身体条件符合军校非指挥类招生体检要求即可，视力要求也比军校生适当降低一些。
(4)管理方式不同。军校生接受完整的军政训练，由军校直接管理;而国防生仅接受必要的军政训练课程，接受所在高校和军队驻校选培办双重管理。