大学选择
根据排名目的，本排名的对象是中国大陆地区、台湾地区、香港特别行政区和澳门特别行政区的高校中以建设世界一流大学和国际知名的高水平研究型大学为目标，并且面向两岸四地招生的大学。
大陆地区
在大陆地区，我们以是否受到211工程支持作为标准来判断大学是否以建设世界一流大学和国际知名的高水平研究型大学为主要目标。211工程大学共有112所，涵盖了所有39所985工程大学，是大陆地区高水平大学的代表。大陆地区211工程大学中面向台港澳招收本科生的有92所，我们选择这92所大学作为大陆地区排名的对象。
台湾地区
在台湾地区，我们根据淡江大学学习与教学中心教育评鉴发展组对台湾高校分类中的博士型大学的划分标准，筛选出34所大学作为建设世界一流大学和国际知名的高水平研究型大学的群体。这些大学涵盖了所有12所受到迈向顶尖大学计划支持的大学，并且这些大学都参加了2014年招收大陆学生的计划。因此我们选择这34所大学作为台湾地区排名的对象。
香港特别行政区和澳门特别行政区
香港和澳门的高校数量不多，两地也都没有可供使用的高校分类。我们最终选择了可以授予博士学位、并且面向内地招收学生的10所大学作为排名的对象，其中香港8所、澳门2所。
我们共对两岸四地的136所大学(其中内地92所、台湾34所、香港8所、澳门2所)进行排名。此外，对于大陆地区211工程大学和台湾地区博士型大学中的尚未开始跨地区招生的大学，我们也计算了他们的名次。
指标体系
由于历史的原因，两岸四地的高等教育体制差异较大，因此，只能选择那些共同适用于两岸四地大学实际情况、具有跨地区可比性的指标。根据我们从事国际性大学比较与排名的经验和对国内外主流大学排名所采用的指标的研究和分析，我们在世界大学学术排名
所采用的指标体系的基础上，又增加了数个同时适用于两岸四地教育状况的指标，形成了包括人才培养、科学研究、师资质量和学校资源4大类13项指标的指标体系。为了更好地体现大学的水平和质量，我们对所有与规模有关的指标都同时使用了绝对数和相对值。在指标权重的安排上我们遵循了《高等教育机构排名的柏林原则》 中要求优先考虑产出指标的原则，对于7项产出指标各分配10%的权重，对于另外6项投入和过程指标各分配5%的权重。计算单项指标得分时，令表现最好的大学的该项指标为100分，其它按其与最高值得比例得分，一所大学的总得分由各单项指标加权得出。
两岸四地大学排名的指标体系
| 人才培养(35%) | 1.1研究生比例 | 5% |
| 1.2留学生比例 | 5% | |
| 1.3师生比 | 5% | |
| 1.4博士学位授予(总量/师均) | 10% | |
| 1.5校友获奖(总量/生均) | 10% | |
| 科学研究(35%) | 2.1科研经费(总量/师均) | 5% |
| 2.2顶尖论文(总量/师均) | 10% | |
| 2.3国际论文(总量/师均) | 10% | |
| 2.4国际专利(总量/师均) | 10% | |
| 师资质量(25%) | 3.1博士学位教师比例 | 5% |
| 3.2教师获奖(总量/师均) | 10% | |
| 3.3高被引科学家(总量/师均) | 10% | |
| 学校资源(5%) | 4.1办学经费(总量/生均 | 5% |
指标定义
研究生比例
一所大学攻读学士及以上学位的学生中，攻读硕士及以上学位的学生所占的比例。
留学生比例
一所大学攻读学士及以上学位的学生中，非本地区学生所占的比例。
师生比
一所大学的专任教师数与攻读学士及以上学位的学生数之比。
博士学位授予数
一所大学一年中(2012)授予的博士学位数。
校友获奖
一所大学的毕业生获得诺贝尔科学奖(物理、化学、生理或医学、经济学)和菲尔兹奖(数学)的数量。对不同年代的获奖毕业生赋予不同的权重，每回推十年权重递减10%。
科研经费
一所大学一年中(2012)获得的用于科学研究的经费，经费来源主要包括政府、企业和社会。
顶尖论文
一所大学五年中(2008-2012)在Nature和Science两本期刊上发表论文的折合数。只统计研究论文(Article和Proceedings Paper)。对不同作者单位排序赋予不同的权重，通讯作者单位的权重为100%，第一作者单位的权重为50%，下一个作者单位的权重为25%，其它作者单位的权重为10%。
国际论文
一所大学一年中(2012)被SCIE和SSCI收录的论文数量，只统计研究论文(Article和Proceedings Paper)。对SSCI收录的论文赋予2倍的权重。
国际专利
一所大学五年中(2008-2012)被Derwent专利数据库收录的国际专利(在中国大陆和台湾地区以外的专利审查机构申请授予的专利)数量。
博士学位教师比例
一所大学的专任教师中有博士学位的教师比例。
教师获奖
一所大学的教师获得诺贝尔科学奖(物理、化学、生理或医学、经济学)和菲尔兹奖(数学)的数量。只考虑教师获奖时所在单位。对不同年代的获奖者赋予不同的权重，每回推十年权重递减10%。
高被引科学家
一所大学的高被引科学家总数。按isihighlycited.com(2012年)公布的过去30年在21个学科被引用次数最高的科学家的所在单位进行统计。
办学经费
一所大学一年中(2012)的办学经费总额。
数据来源
诺贝尔科学奖数据来自：http://nobelprize.org/
菲尔兹奖数据来自：http://www.mathunion.org/medals/
高被引科学家数据来自：http://www.highlycited.com/
顶尖论文、国际论文、国际专利数据来自：http://www.webofknowledge.com
教师、学生、经费等数据来自：
教育部直属高校工作司。《教育部直属高校2012年基本情况统计资料汇编》
教育部发展规划司。《中国高等学校大全(2012年版)》。北京：北京大学[微博]出版社
台湾地区教育部统计处.100(2012-2013)学年度各校基本资料库档案，见http://www.edu.tw/statistics/index.aspx
澳门特别行政区政府高等教育辅助办公室。《2012年高等教育辅助办公室年刊》，见http://www.gaes.gov.mo/MHEDB/
上海交通大学[微博]世界一流大学研究中心。世界研究型大学调查(Global Research University Profiles)，见http://www.shanghairanking.com/grup/survey/index.html
211工程学校名单来自：中华人民共和国教育部，见http://www.moe.gov.cn/publicfiles/business/htmlfiles/moe/s238/201002/82762.html
台湾博士型大学名单来自：淡江大学学习与教学中心教育评鉴发展组。《2012年我国大学学术声誉排名研究》