清政府于1902年、1904年先后颁布了《钦定学堂章程》（史称壬寅学制）和《奏定学堂章程》（史称癸卯学制）。其中，癸卯学制在全国正式施行，中学堂学制五年。1909年，学部奏请实施中学文实分科。这可以说是开近代以来中学文理分科改革和争议之端。
1912年公布的《中学校令》和《中学校令施行规则》规定中学学制为4年，在课程的设置上取消了文实分科。然而，仅仅过了3年，中学文实分科就再度实行。1915年颁布的《特定教育纲要》要求中学校分为文科、实科，以期专精深造。
1922年出台的新学制（史称壬戌学制），改革的核心是中等教育。中学修业年限由四年改为六年，分初、高中两级，各三年，实行选科制和分科制。根据次年颁布的课程标准，高级中学分普通科和职业科。普通科以升学为主要目的，又分为两组：第一组注重文学和社会科学，相当于以前的文科；第二组注重数学和自然科学，相当于以前的实科。
1933年12月，国民党第四届中央执行委员会第三次全体会议在确立教育目标改革制度案中，明确规定高中不分文理科，现有之工农商等高中，均应改为职业学校。此后，1940年国民政府修订课程规定，高中自第二学年分甲、乙两组，分别侧重理、文教育；1948年又规定取消分科。
上世纪五六十年代，高中阶段实行文理分科的做法已经比较普遍。同时在理工科高校大发展的背景下，重理轻文的偏科现象也很严重。1977年恢复高考制度之后，高中阶段文理分科的现象愈演愈烈。
尽管1983年8月教育部在《关于进一步提高普通中学教育质量的几点意见》中特别提出要注意克服轻视文科的倾向。重视和加强语文、历史、地理、音乐和美术等科教学，课时必须保证。不要搞高考考什么就只开设什么课程的所谓文理分科。然而，尽管国家教育主管部门三令五申和社会各界多方呼吁，高中文理分科在实践中依然故我。