甲型H1N1流感的暴发和全球流行让今年的高考卫生防疫工作变得尤其重要。为此，上海今年在各考点增设了两类备用考场，一类是按照教育部此前规定，每年考点增设一个备用考场作为发热室，另一类则用于和甲流疑似病例接触的考生，如果和甲流疑似病例接触，考生将一人一个考场参加隔离式高考。
考生发现体温升高，要主动向考点的医务人员报告，如果经测量体温不超过37.8℃，就安心进入准考证上规定的考场参加考试，而如果体温超过37.8℃，并伴有咳嗽等流感样症状，就应该主动进入用作发热室的备用考场，发热室备用考场可以容纳多人，如果有两名或两名以上考生在发热室备用考场考试，考生必须戴上口罩，和其他考生之间要保持至少两米的距离。
如果考生与甲型流感病人或是和来自疫区的疑似病例有接触史，更应该向考点的监测人员主动报告，这类考生将需进入和发热室不同的另一类备用考试，一人在一个考场中进行考试。
由于上海没有出现甲流二代病例，因此，上海不会像广东等省市一样对所有考生都测试体温，考生此时更应该本着对自己负责，也对全体考生负责的态度，主动报告自己的身体状况，按照考点的要求进入规定的考场考试。
上海所有考区还将按照要求，配备口罩、手套、洗手液、防护衣、酒精、卫生棉等防护和消毒用品，上海今年共设立了22个考区、114个考点、3127个考场，每个考场都要配备5个口罩，这样一来，口罩总数将超过1.5万个。