学院建于1978年，原名国防科委干部学校。1986年更名为国防科工指挥技术学院，成为一所兼有中、初级指挥管理和高级专业技术培训的多层次、综合型高等军事院校。
学院现设有试验指挥、电子工程、测量控制、电子计算机4个系和24个教研室。学院的专业设置以航天和武器试验任务中的指挥和工程技术岗位为背景，以试验大系统的性质、任务、功能相近的分系统为对象；坚持按工程对象的业务范围设置专业。学院共设有13个大专专业，5个本科专业和1个研究生专业。